為了奪取地球，新的敵人以及神秘的巨大怪物體從宇宙出現了！ 而由超進化研究所秘密開發的「進化先鋒ALFA-X」掌握這一切的關鍵…！？ 過着平靜生活的隼人等人的進化先鋒小隊的戰鬥再次拉開帷幕——！！ 由於敵人的突襲，隼人的父親北斗失蹤了。而隨後出現的是，超越時空而來的「9歲的北斗」！被光之粒子包圍穿越時空的「少年北斗」為了保護地球，為了回到原來的世界，決心成為集結最新技術完成的「進化先鋒ALFA-X」的駕駛員。與二人的熱情一起，從北海道支部·山形支部·大宮支部·名古屋支部·京都支部·門司支部